In unmittelbarer Nähe zur Zentrale des MfS in der Normannenstraße gelegen, bildet das Gefängnis in der Magdalenenstraße zusammen mit der Untersuchungshaftanstalt in Berlin-Hohenschönhausen die zentrale Untersuchungshafteinrichtung der Staatssicherheit. Nach dem Zweiten Weltkrieg dient das zu Beginn des 20. Jahrhunderts erbaute Gerichtsgefängnis Lichtenberg zunächst als Untersuchungsgefängnis des sowjetischen Geheimdienstes NKWD. Im unmittelbar angrenzenden Stadtbezirksgericht verhängt ein sowjetisches Militärtribunal (SMT) Urteile über die Inhaftierten. 1953 wird die Haftanstalt größtenteils an das MfS übergeben, die vierte Etage wird jedoch bis 1955 weiterhin von sowjetischen Stellen genutzt. Für viele Häftlinge ist die „Magdalena" eine Durchgangsstation kurz nach der Festnahme oder vor der Haftentlassung. Inhaftierte aus Hohenschönhausen werden zu Besuchs- und Anwaltsterminen hierher gebracht. Aber auch Personen, die als Zeugen in laufenden Ermittlungsverfahren befragt werden sollen, werden in ein eigens dazu errichtetes Barackengebäude im Hof der Haftanstalt einbestellt und dort vernommen.
Der Name der sächsischen Kleinstadt steht symbolisch für Unrecht und Unterdrückung in SBZ und DDR.
Historischer Ort