Das 1907 erbaute Amtsgerichtsgefängnis wird im Nationalsozialismus umfunktioniert zum SA-Heim (Sturmabteilung der NSDAP). In der unmittelbaren Nachkriegszeit nutzt es die sowjetische Militäradministration kurz, bis es 1947 wieder an die deutschen Justizbehörden übergeben wird. Ab Anfang der 1950er Jahre betreibt die Abteilung XIV der Verwaltung Groß-Berlin, die spätere MfS-Bezirksverwaltung Berlin, in dem Gebäude eine Untersuchungshaftanstalt. Mit über 58 Zellen und zahlreichen Vernehmungszimmer ist sie für etwa 120 Gefangene vorgesehen. Im Februar 1990 wird die Einrichtung dem Ministerium des Innern (MdI) der DDR unterstellt und nach der Wiedervereinigung im Oktober 1990 geschlossen.
Die im Gefängnis in Waldheim 1950 durchgeführten "Waldheimer Prozesse" sind Beispiel der Willkür-Justiz in der DDR.
Historischer Ort